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第八届国际生物审编大会:“深挖”生物大数据 星期日, 2015年4月26

由中国科学院北京基因组研究所主办,国家人口与健康科学数据共享平台、中国医学科学院基础医学研究所、中国医学科学院医学信息研究所等单位协办的第八届国际生物审编大会于2015年4月23日-26日在北京友谊宾馆如期举行。来自美国国家生物技术信息中心(NCBI)、欧洲生物信息学研究所(EBI)、瑞士生物信息学研究所(SIB)等在内的国际顶尖机构的专家及国内相关学者围绕“大数据、大发现”这一主题进行了深入的交流和讨论。


大会邀请了来自NCBI的GenBank、RefSeq和EMBL-EBI的UniProt等国际知名生物数据中心的领域专家王晓东、王艳丽、Mark Thomas、Ilene Mizrachi、Kim Pruitt、Claire O'Donovan、Sandra Orchard于4月22日-23日提供免费的生物审编免费培训,为建立我国独立的生物审编团队奠定基础。


中国工程院院士刘德培在会议欢迎宴中致辞,介绍国家人口与健康科学数据共享平台的发展状况、收集的数据类型等,同时强调生物审编作为大数据时代海量生物数据整合和生物数据中心建设必不可少的重要环节,需要引起高度的重视,通过标准化、结构化的受控词表,对这些信息进行描述,并建立生物数据之间的关联整合,建立精品数据库,提供高质量的数据内容服务。


国际生物审编协会主席亚历克斯•贝德曼(Alex Bateman)在开幕式上作了主题为“开放社区中的生物审编(Biocuration in the community)”报告,指出生物审编是Pfam、Rfam等数据库发展的瓶颈,介绍了生物审编研究发展的未来方向,并指出了基于开放社区的生物审编及同行评议等模式也许能解决相关问题。


瑞士生物信息研究所(SIB)主任,Swissprot数据库的创始人Amos Bairoch作了主题为“neXtProt: recent developments in the context of biocuration”报告,介绍了neXProt数据库的基本架构,并开发BioEditor等工具对数据进行精确注释和审编,该数据已经被HUPO选中作为人类蛋白质组计划(Human Proteome Project)的知识库。


欧洲生物信息研究所EMBL-EBI文献数据库负责人Johanna McEntyre作了主题为“Big data to small data and back again: integrating biological data with the open access literature”的报告,指出生物医学文献的数据量会越来越大而且源源不断的产生,利用开放式文献进行数据整合面临巨大的挑战,既需要机器对文献进行初步挖掘,有需要人工对文献数据进行审编,这也是未来文献挖掘的必然途径。


以色列耶路撒冷大学教授Michal Linial作了题为“Genomes: The good, the bad and the ugly - the limits of automatic biocuration”介绍了自动化生物审编相关工具及其局限,同时指出对生物序列数据及序列特征数据人工生物审编的必要性等。


此次会议还举办了六个研讨会,主题分别是:


Workshop 1: Crowd/community curation: challenges & credit attribution

Workshop 2: Data visualization & annotation

Workshop 3: Biocuration in big data to knowledge: new strategy, process & framework

Workshop 4: International collaboration in biocuration: projects & data/expertise sharing

Workshop 5: Genotype-2-phenotype: Curation challenges in translational & reverse translational informatics

Workshop 6: Money for biocuration: strategies, ideas & funding


此次研讨会的主题涵盖了生物审编领域的热点问题,与会专家对以上主题进行了深入的讨论,提出了自己的看法。


会议期间,还召开了一个特殊的研讨会,主题是“Biocuration in China: importance, road map & priority”,探索生物审编在中国发展的可能性,中国遗传学会成立生物大数据专业委员会,以期推动国内生物审编和生物医学数据库的建设。


通过此次会议,国内的参会人员普遍对生物审编有了更深刻的认识,也希望吸收更多对生物审编感兴趣的专家能加入该组织,为生命科学和生物技术研究开发人员提供高质量的生物信息数据,为未来精准医学发展的奠定基础。


此次会议,国家人口与健康平台作为会议的协办方积极参与。派出工作人员和研究生全程参与会议的各个环节,并在会议的壁报环节展示了平台多个数据库的最新成果。在此次会议中,平台工作人员和国际专家广泛交流,对于提升总平台的数据管理和数据库建设有重要意义。

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